Am Bernoulli-Euler-Zentrum sind verschiedene Projekte angesiedelt, die im Zusammenhang mit der Euler- und der Bernoulli-Edition stehen, so etwa die seit über 100 Jahre laufende Herausgabe der Opera omnia von Leonhard Euler LEOO, die Basler Edition der Bernoulli-Briefwechsel BEBB, aber auch Projekte im Zusammenhang mit der Digitalisierung der gesamten Werke, Briefwechsel und Schriften von Euler, den Bernoulli und deren Umfeld, wie etwa die Plattformen Opera-Bernoulli-Euler OBE.digital und Bernoulli-Euler-OnLine BEOL.

Die Finanzierung erfolgt aus verschiedene Quellen, etwa dem Schweizerischen Nationalfonds SNF,  der Schweizerischen Akademie der Geisteswissenschaften SAGW und der Schweizerischen Akademie der Naturwissenschaften SCNAT, aus Stiftungen (wie die Freiwillige Akademische Gesellschaft FAG, die Max Geldner-Stiftung u.a.m.), und auch aus Overhead-Mittel von laufenden Projekten,

Unterstützt wird das Bernoulli-Euler-Zentrum durch die Bernoulli-Euler-Gesellschaft BEG, welche 2014 gegründet wurde und seit 2018 ein Mitglied der Schweizerischen Akademie der Naturwissenschaften SCNAT.